1990年 7月2日 交通部「高速鐵路工程籌備處」(高速鐵路工程局前身)成立,確定興建南北高鐵,專責辦理規劃與執行高鐵建設事宜。[6]
1992年 6月 行政院核定高鐵路線及車站站址。
1993年 7月16日 立法院通過高鐵計畫,全數刪除政府編列的興建預算,並決議交由民間興建。
1997年 9月25日 傾向採用歐洲系統的「臺灣高速鐵路企業聯盟」擊敗傾向採用日本系統的中華高鐵(以中華開發為首),取得高鐵建設優先議約權。
1998年 6月3日 德國郊區發生ICE出軌事故。
1999年 3月26日 燕巢總機廠動工,高鐵工程正式啟動。
12月6日 左營站動工。
12月28日 受到1998年ICE艾雪德事故與1999年921大地震影響,高鐵計畫改為以日本系統為主。
很明顯當年的交通部長
# 簡又新 1991年6月1日
# 劉兆玄 1993年2月27日
# 蔡兆陽 1996年6月10日
# 林豐正 1998年4月1日
行政院院長
1990年6月1日 1993年2月27日 郝柏村
1993年2月27日 1997年9月1日 連戰
1997年9月1日 2000年5月20日 蕭萬長
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